qupathとは？初心者にやさしい基本と使い方ガイド共起語・同意語・対義語も併せて解説！

この記事を書いた人

高岡智則

年齢：33歳性別：男性職業：Webディレクター（兼ライティング・SNS運用担当）居住地：東京都杉並区・永福町の1LDKマンション出身地：神奈川県川崎市身長：176cm 体系：細身〜普通（最近ちょっとお腹が気になる）血液型：A型誕生日：1992年11月20日最終学歴：明治大学・情報コミュニケーション学部卒通勤：京王井の頭線で渋谷まで（通勤20分）家族構成：一人暮らし、実家には両親と2歳下の妹恋愛事情：独身。彼女は2年いない（本人は「忙しいだけ」と言い張る）

qupathとは？

qupathはデジタル病理の画像を解析するためのオープンソースソフトウェアです。研究者や学生が顕微鏡で撮影したスライド画像を読み込み、細胞の検出や組織の領域抽出、染色の強さの定量などを手軽に行えるように設計されています。

主な特徴

qupathはJavaベースであり、Windows・macOS・Linuxの多くの環境で動作します。複雑なライセンス条件のもと、無料で利用でき、活発なコミュニティによるサポートも魅力です。

使い方の流れ

基本的なワークフローは次のとおりです。

1) ダウンロードとインストール 公式サイトから最新のリリースを入手し、指示に従ってセットアップします。Javaが必要な場合があるので、事前に確認しておくとスムーズです。

2) 画像の読み込み 対象となるスライド画像をソフトに取り込みます。対応形式としてはTIFFやJPEG、場合によってはスライド画像の専用フォーマットにも対応しています。

3) スケールの校正 実測の距離情報を設定することで、細胞の大きさや領域の大きさを正確に定量できます。

4) アノテーションと検出 区域をマークし、セルや核の検出を自動化します。検出結果は後で視覚的に確認できます。

5) 結果の解釈とエクスポート 結果を表形式で閲覧し、CSVやTSVなどの形式でエクスポートして他のソフトと併用します。

実際の活用例

例えば腫瘍組織の免疫染色画像を解析する際、qupathは染色の陽性領域を自動で抽出し、細胞数や陽性細胞の比率を算出します。これにより研究者は大量のスライドを比較可能な定量データに変換できます。

表で見る概要

項目	内容
公式名称	QuPath
用途	デジタル病理画像の解析
動作環境	Windows / macOS / Linux
ライセンス	オープンソース
主な機能	細胞検出・領域抽出・染色定量・結果のエクスポート

初心者がつまずきやすい点

初めて使うときはインストール時のJava要件や画像フォーマットの違いで戸惑うことがあります。公式ドキュメントやチュートリアルを少しずつ読み進め、サンプルデータを使って手を動かすのがコツです。

qupathの同意語

QuPath: 病理画像解析のオープンソースソフトウェアとしてのQuPathそのものを指す名称。デジタル病理の研究・臨床で利用される無料のツールです。
QuPathソフトウェア: QuPathという名前の病理画像解析ソフトウェア。全スライド画像の読み込み・処理・定量化などを行えます。
QuPathオープンソース: QuPathはオープンソースで提供されており、ソースコードの確認・改変・再配布が可能です。
QuPathデジタル病理: デジタル病理の領域でQuPathを指す表現。デジタルスライドの解析・定量化に適したツールです。
QuPath病理画像解析ツール: 病理画像を解析するツールとしてのQuPathの機能を指す表現です。
QuPathオープンソースソフトウェア: オープンソースの病理画像解析ソフトウェアとしてのQuPathを指す別表現です。
QuPath画像解析プラットフォーム: 病理画像の解析機能を提供する統合プラットフォームとしてのQuPathを表す表現です。
QuPathオープンソース病理画像解析: オープンソースの病理画像解析ソフトウェアであるQuPathを表す別表現です。

qupathの対義語・反対語

非QuPath: QuPath以外の方法やアプローチを指す概念。QuPathを使わない、またはデジタル病理解析以外の道を示すときに使われます。
手作業の病理分析: 専門家が人の手でスライドを観察・評価する分析方法。自動化ツールやソフトウェアの活用を前提としません。
紙ベースの病理診断: 病理診断の記録・報告を紙のレポートや紙ベースの資料で行うアプローチ。デジタル画像を前提としない点が特徴。
アナログ病理解析: デジタル化・画像処理を使わず、従来のアナログ手法で病理を解析すること。
非デジタル病理分析: デジタル機器やデジタル解析を使わない全般的な病理分析のこと。
クローズドソースの商用ソフトウェア: ソースコードが公開されていない商用の病理分析ソフトウェア。QuPathのオープンソースと対になるイメージです。
商用ライセンスの分析ツール: 商用ライセンスで提供される病理分析ツール。オープンソースのQuPathとは対照的な位置づけ。
デジタル病理を使わないアプローチ: デジタル化やデジタル解析を前提としない病理アプローチ全般を指します。
自動化を使わないソリューション: 自動解析・自動化機能を用いず、手動中心の解析ソリューションを指します。

qupathの共起語

qupath: オープンソースのデジタル病理画像解析ソフトウェア
デジタル病理: 病理診断や研究をデジタル画像上で行う分野
画像解析: 画像から定量的情報を抽出する技術・作業
スライド画像: 病理スライドから取得される高解像度の画像データ
H&E染色: 基本染色法（ヘマトキシリンとエオシン）の染色例
IHC: 免疫組織化学、タンパク質の局在検出手法
セグメンテーション: 画像を領域ごとに分割する処理
セル検出: 細胞を自動的に識別・検出する機能
ROI: 解析対象の領域（Region of Interest）
ラベリング: 検出した対象に識別名を付ける作業
定量: 細胞数・面積・発現量などを数値化すること
スクリプト: 自動化のためのプログラムコード
Groovy: QuPath で使われる主なスクリプト言語
プラグイン: 機能を拡張する追加モジュール
プロジェクトファイル: QuPath の解析プロジェクトを保存するファイル
オープンソース: ソースコードが公開され、誰でも利用・改変可能
チュートリアル: 使い方を学ぶ解説コンテンツ・講座
解析パイプライン: 前処理→セグメーション→定量などの連続処理の流れ
画像フォーマット: 病理画像でよく使われるフォーマット例（TIFF, SVS など）
DICOM: 医用画像の標準フォーマット
バージョン: ソフトウェアのリリース番号・更新情報

qupathの関連用語

QuPath: オープンソースのデジタル病理画像解析ソフトウェア。WSIの読み込み・細胞検出・定量・分類、ROIの管理、IHC定量、スクリプト自動化などをGUIとスクリプトで行える。
Whole Slide Image (WSI): 全スライド画像。病理スライド全体を高解像度のデジタル画像として扱い、タイル処理で解析を行える。
デジタル病理: 病理標本をデジタル画像として取得・解析する分野。
画像解析: 画像データから特徴量を抽出して定量的な指標を得る技術。
アノテーション: 画像上に対象物の境界やカテゴリを付ける作業。QuPath では ROI やオブジェクトとして管理される。
ROI (Region of Interest): 解析の対象となる領域。
細胞検出: 画像から細胞の位置を自動的に見つけ出す機能。
細胞分割: 細胞の境界を分離して領域を特定する処理。
組織領域検出: 組織の領域を自動認識する処理。
オブジェクト分類: 検出されたオブジェクトをカテゴリ別に分類し、定量分析につなげる処理。
IHC定量: 免疫組織化学染色の発色強度や染色陽性領域を定量化する分析。
色素分解 (Color Deconvolution): 画像を複数の染色成分に分離して、個々の染色を独立して解析する手法。
カラー正規化 (Stain Normalization): 染色のばらつきを補正して画像間で比較しやすくする処理。
Groovyスクリプト: QuPath の自動化を実現する Groovy 言語のスクリプト。
JavaScriptスクリプト: ECMAScript ベースのスクリプト。QuPath でのタスク自動化にも使える。
QuPath API: QuPath の機能をプログラムから操作するための公式 API。
Trainable classifier: 教師データを使ってオブジェクトを分類する訓練可能な機械学習モデル。QuPath では Weka などを用いた分類が可能。
ランダムフォレスト分類器: 多数の決定木を組み合わせて分類する機械学習モデル。オブジェクト分類に用いられることがある。
プラグイン: 機能を拡張する追加モジュール。
バッチ処理: 複数の画像を一度に自動処理する機能。
タイル処理: WSIを小さなタイルに分割して順次解析する手法。
プロジェクト: 解析対象の画像群と結果・設定をひとまとめに管理する QuPath の作業単位。
測定値 (Measurements): 領域の面積・周囲長・染色強度など、解析で得られる定量値。
CSVエクスポート: 測定結果を CSV 形式で外部ツールに取り込み可能に出力する機能。
OpenSlide: WSI 読み込みを支えるオープンソースライブラリ。
Bio-Formats: 多様な画像フォーマットの読み込みをサポートするライブラリ。
ImageJ: 別の代表的な画像解析ソフト。QuPathと比較・連携の対象になることがある。
染色 (H&E / DAB): H&E は組織構造、DAB は免疫染色の陽性領域を可視化する染色法。
品質管理 (QA): 分析結果の正確性と再現性を担保するための検査と手順。
解析パイプライン: 入力画像から出力までの一連の処理手順。
フォーラム/コミュニティ: 公式フォーラムやユーザーコミュニティで情報共有や質問を行う場。
WSIフォーマット例: 代表的な全スライド画像フォーマットの例として SVS、NDPI、MRXS などが挙げられる。