高岡智則
年齢：33歳 性別：男性 職業：Webディレクター（兼ライティング・SNS運用担当） 居住地：東京都杉並区・永福町の1LDKマンション 出身地：神奈川県川崎市 身長：176cm 体系：細身〜普通（最近ちょっとお腹が気になる） 血液型：A型 誕生日：1992年11月20日 最終学歴：明治大学・情報コミュニケーション学部卒 通勤：京王井の頭線で渋谷まで（通勤20分） 家族構成：一人暮らし、実家には両親と2歳下の妹 恋愛事情：独身。彼女は2年いない（本人は「忙しいだけ」と言い張る）
遺伝距離・とは？
遺伝距離とは、個人同士や集団のDNAの差の「度合い」を表す指標です。0に近いほどDNAが似ていることを意味し、距離が大きくなるほど遺伝情報の違いが多いことを示します。
遺伝距離の基本
日常の言葉でいうと、血のつながりの近さの感覚に近いですが、科学では数理的な方法で差を数えます。DNAの差を数える座（遺伝子座）をたくさん集め、各座の違いを合わせて距離を出します。
具体的なイメージ
たとえば、2人のDNAを100箇所比較して、違いが5つあったとします。単純化すると、差の割合は5/100＝0.05。これが「遺伝距離のおおよその値」です。ただし実際には、SNPと呼ばれる差を多く集めて統計的に処理します。これにより、ばらつきを抑えた信頼性の高い距離が得られます。
実際の利用
遺伝距離は、次のような場面で用いられます。
・家族の関係を確認する際の参考
・異なる集団の系統や歴史を推定するとき
・動物や植物の品種開発・保全の研究
注意点と限界
遺伝距離は「DNAの差の量」を示しますが、必ずしも人と人の気持ちや人間関係を決めるものではありません。データの取り方や解析方法によって距離の値は変わることがあります。
表で見るポイント
| 説明 | |
|---|---|
| 意味 | 個人や集団のDNA差の度合いを表す指標 |
| 低い距離 | 遺伝的に近い、近い関係が想定される |
| 高い距離 | 遺伝的に離れている、異なる集団の可能性が高い |
| 用途 | 系統推定、家族関係の検討、保全・品種開発 |
まとめ
この概念を理解する鍵は、「距離は差の量を表す数値」であり、必ずしも人の感情を測るものではない、という点です。大量のデータを統計的に処理して、信頼性の高い結論を導きます。
遺伝距離の同意語
- 遺伝的差異
- 2つの個体・集団間の遺伝情報の不一致や違いの度合いを表す指標。DNA配列や遺伝子座の等位遺伝子頻度差から算出される。
- 遺伝的相違
- 遺伝子レベルでの違い・差異。個体間・集団間の遺伝的差を表す表現。
- 系統距離
- 系統樹上の枝の長さや分岐の違いから算出される、進化的な差の度合いを示す指標。種や集団の類似・非類似を示すことが多い。
- 進化的距離
- 種や個体間の進化的な違いの量を示す指標。分岐長や配列差などに基づく値。
- 分子距離
- DNA・RNA配列の差異を数値化した距離。分子レベルでの類似性・相違性を評価する際に使われる。
- 分子系統距離
- 分子レベルでの系統関係の距離。DNA/タンパク質配列差に基づく測定。
- 分岐距離
- 系統樹の分岐点間の距離。進化的分岐の長さを示す指標として用いられる。
- 系統的距離
- 進化系統全体の差を示す距離の表現。系統距離とほぼ同義で使われることがある。
遺伝距離の対義語・反対語
- 遺伝的近さ
- 二つの個体・集団が遺伝情報的に非常に似ており、遺伝距離が小さい状態を指す概念。
- 遺伝的近接性
- 遺伝子差が少なく、近い関係を示す性質。距離が短いことを意味する表現。
- 遺伝的類似性
- 遺伝情報が似ている度合いを表す概念。遺伝距離が小さい場合に当てはまることが多い。
- 遺伝的同質性
- 集団内の遺伝的多様性が低く、個体間の遺伝子構成が似ている状態を指す。
- 遺伝的共通性
- 多くの遺伝子座で共通の遺伝情報を持つ状態。高い類似性・低い距離を示す。
- 遺伝的一致
- 遺伝子型や遺伝座の組み合わせが一致している状態を指す表現。
- 遺伝的近縁性
- 血縁関係が近い、遺伝距離が小さい状態を示す表現。
遺伝距離の共起語
- 遺伝距離
- 2つの個体や集団の間の遺伝的差異の度合いを表す指標。系統関係や多様性を評価する基礎的な概念。
- 集団遺伝学
- 集団レベルでの遺伝子頻度の変動や差異を研究する生物学の分野。
- 遺伝的多様性
- 集団内での遺伝子型・アレル頻度の多様さ。高いほど遺伝距離が大きくなる傾向。
- 遺伝子流動
- 集団間で遺伝子が移動する現象。長期的には距離を縮める要因となる。
- 系統樹
- 種や集団の系統関係を木構造で表した図。遺距離を元に推定されることが多い。
- 系統解析
- 遺伝情報から系統関係を推定する分析手法全般。
- ペアワイズ遺伝距離
- 2つの集団・個体間の距離を対ごとに計算する基本単位。
- 距離行列
- 複数の対象間の遺伝距離を表形式で並べた表。分析の基盤。
- Neiの遺伝距離
- Neiが提案した、集団間の遺伝距離の代表的指標。
- Cavalli-Sforza距離
- Cavalli-SforzaとEdwardsが提案した、遺伝頻度に基づく距離。
- Reynolds距離
- 集団差を評価する指標の一つ。特に分化の初期段階を捉えることがある。
- Fst値
- 集団間の遺伝子頻度差の程度を示す指標。0に近いほど近縁、1に近いほど分化。
- Gst
- 遺伝的分化を表す指標の総称。Fstの拡張として用いられることがある。
- アレル頻度
- 集団内の各アレルの出現割合。距離計算の基本データ。
- SNP
- 一塩基多型。遺伝距離を測る代表的な分子マーカー。
- マイクロサテライト
- 短い反復配列を利用する高多様性マーカー。距離推定に有用。
- ミトコンドリアDNA
- 母系系統を追う遺伝情報。集団間距離の推定にも利用される。
- 遺伝子座
- 比較対象となる遺伝子の位置。距離計算の基準点。
- 遺伝子頻度
- 集団内の遺伝子型の割合。距離・分化の計算データになる。
- 近交
- 近縁個体間での交配。遺伝子多様性や距離の見かけに影響を与える。
- 交雑
- 異なる集団・種間での繁殖。新たな遺伝的組み合わせを生む。
- 分子系統学
- 分子データを用いて系統関係を推定する分野。
- クラスタリング
- 遺伝距離を基に類縁性の高い集団をグループ分けする手法。
- UPGMA
- 距離法の一つ。等速進化仮定のもと系統樹を作成するアルゴリズム。
- Neighbor-Joining
- 距離法のアルゴリズム。計算効率よく系統樹を推定する。
- PCA
- 主成分分析。遺伝距離データの次元削減と可視化に用いる。
- MDS
- 多次元尺度法。距離データを低次元に可視化する手法。
- 分子時計
- 遺伝変異の蓄積速さを時間に換算する概念。時間的な距離の推定に使われる。
- 種間距離
- 異なる種間の遺伝的差異の尺度。種間の分化を評価する指標。
- 種内距離
- 同一種内の個体間の遺伝的差異。近縁性の評価にも用いられる。
- 遺伝的分化
- 集団間での遺伝子頻度の差が大きいほど、遺伝距離は大きくなる現象。
遺伝距離の関連用語
- 遺伝距離
- 二つの集団の遺伝子構成の差の程度を数値化した指標。遺伝子頻度や配列差を用いて計算され、系統推定や集団構造の評価に用いられる。
- 配列距離
- DNAやRNAの配列同士の差を距離として定量化する指標。p距離やモデル補正距離が含まれる。
- p距離
- 配列間で異なるサイトの割合を示す最も基本的な距離。補正を行わない場合が多い。
- Jukes-Cantor距離
- すべての置換を等確率で起こると仮定する簡易モデルに基づく距離。観測差を補正して真の差を推定する。
- Kimura2パラメータ距離
- transitionとtransversionの違いを分けて考える置換モデルに基づく距離。精度の高い補正が可能。
- Tamura-Nei距離
- GC含量差や置換の非対称性を考慮するDNA置換モデル。複雑なデータに適用。
- 系統距離
- 系統樹の枝長として解釈される距離。進化の時間や差の程度を表す指標。
- 距離行列
- 複数の個体・集団間のペアごとの距離を並べた表。系統推定やクラスタリングに用いる。
- アレル頻度距離
- 集団間のアレル頻度の差を測る距離。遺伝子頻度データに適用される。
- Neiの遺伝距離
- Neiが提案した、集団間の遺伝差を表す古典的指標。
- Neiの標準遺伝距離
- 複数遺伝子座の頻度から算出される標準的な距離指標。
- Reynolds距離
- 遺伝子流動と分化の影響を同時に考慮して推定される距離。
- Fst
- 集団間の遺伝的分化の代表的指標。0に近いほど似、1に近いほど分化が大きい。
- Gst
- 分化の程度を示す別の指標。データや状況により解釈が異なる。
- D_est
- Jostが提案した分化の評価指標（Dest）。距離として扱われることがある。
- Nm
- 一世代あたりの移動遺伝子の推定値。高いほど遺伝子流動が活発。
- ハプロタイプ距離
- 異なるハプロタイプ間の差を距離として扱う指標。ハプロタイプ分布の比較に用いる。
- ヌクレオチド多様性π
- 集団内の平均ヌクレオチド差の平均。距離そのものより多様性の指標として使われる。
- 分子時計
- 距離を時間に換算する概念。分岐時刻の推定に用いられることが多い。
- 進化距離
- 遺伝距離の別名。種分化の程度を表す概念として広く使われる。
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