genbankとは？初心者でも分かる遺伝子データベースの基礎ガイド共起語・同意語・対義語も併せて解説！

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高岡智則

年齢：33歳性別：男性職業：Webディレクター（兼ライティング・SNS運用担当）居住地：東京都杉並区・永福町の1LDKマンション出身地：神奈川県川崎市身長：176cm 体系：細身〜普通（最近ちょっとお腹が気になる）血液型：A型誕生日：1992年11月20日最終学歴：明治大学・情報コミュニケーション学部卒通勤：京王井の頭線で渋谷まで（通勤20分）家族構成：一人暮らし、実家には両親と2歳下の妹恋愛事情：独身。彼女は2年いない（本人は「忙しいだけ」と言い張る）

genbankとは何か

genbankは世界中の研究者が投稿した遺伝子配列データを集めて公開している巨大なデータベースです。正式名称は GenBankであり、データは米国国立生物工学情報センター NCIB? ではなく NC BI の National Center for Biotechnology Information が運営しています。初心者にとっては難しそうに思えるかもしれませんが、基本の使い方はとてもシンプルです。遺伝子配列の“配列データ”とそれに付随する“注釈情報”がひとまとめになっており、研究や教育の現場で幅広く利用されています。

genbankを使う主な目的は、他の生物の遺伝子配列を調べて比較したり、特定の遺伝子がどう変化しているかを確認したりすることです。データは公開されており、研究成果の再現性を高める役割も果たします。ウェブ上の検索機能を使えば、生物名や遺伝子名で簡単に該当データを見つけられます。

GenBankの中身とデータ形式

GenBankには次のような情報が入り混みます。配列データそのもの、配列の注釈（どの遺伝子か、機能の説明、由来となる生物種など）、論文の情報です。データは様々な形式で提供されており、代表的なものには FASTA や GenBank 形式があります。初学者はまず Web 上で配列のページを開いて、注釈と配列の読み方を覚えると理解が早く進みます。

GenBankの情報は日々更新され、新しい研究成果が追加されています。データを利用する際は、出典を必ず確認し、データの最新版かどうかを確認しましょう。

使い方の基本フロー

初心者が GenBank を使い始めるときの基本的な流れは以下のとおりです。まずは 生物種名や遺伝子名を入力して検索します。次に該当データのページを開き、遺伝子の配列と注釈を確認します。必要に応じてデータをダウンロードし、授業や課題で使うファイルとして保存します。データの利用には出典表示が必要です。

表で見る GenBank の基本情報

<th>項目

データの種類
提供元	NCBI（National Center for Biotechnology Information）
主なデータ形式	FASTA, GenBank 形式など
利用目的	遺伝子の比較・機能推定・教育・研究の基礎資料

データを使うときの注意点として、データの信頼性は投稿者の情報と注釈に依存する点があります。実験結果の再現性を高めるには、複数のソースを照合し、必要に応じて原著論文を参照してください。教育現場では、データの読み方や表記の仕方を一緒に学ぶことで、遺伝子研究の基礎力を着実に育てられます。

よく使われる用語

Entrezは GenBank などのデータベースを横断検索するための検索システムの名前です。注釈は配列の意味を説明するテキスト、機能予測はその遺伝子がもつと考えられる機能の推定です。最初はこれらの語をひとつずつ覚えるだけでも、ページの読み取りが楽になります。

教育・研究での活用例

授業では、生徒が特定の遺伝子を検索して配列を読み取り、注釈を整理する演習を行うと理解が深まります。研究では、他の研究者が公開した配列と自分のデータを比較して、系統関係の考察や機能の検証を進めます。

データ取得の簡単な手順例

以下は最も基本的なステップです。ウェブサイトにアクセスし、遺伝子名や生物種名を入力して検索します。該当データのページを開き、配列データと注釈を閲覧します。必要ならデータをローカルに保存し、授業資料や研究ノートに貼り付けます。データの利用には出典表示を忘れずに。

GenBankは生物学を学ぶ人にとって強力な学習リソースです。 少しずつ慣れていけば、遺伝子の仕組みや進化の理解が深まり、研究の幅が広がります。

注意点とマナー

データを使う前に、出典の表記と利用規約を必ず確認しましょう。公開データは研究の資産ですが、著作権・データ使用条件に従うことが大切です。教育の場では、データを共有する際にも同様のマナーを守ることが求められます。

まとめ

genbankは遺伝子配列データを世界中の研究者と共有する重要な資源です。配列そのものだけでなく注釈情報も併せて提供され、教育・研究の基礎として広く利用されています。初めは難しく感じても、基本的な検索と注釈の読み方を覚えるだけで、データを活用する力が着実に身につきます。

genbankの同意語

GenBank: NCBI が提供する核酸配列データベースの正式名称。遺伝子のDNA/RNA配列と注釈情報を公開している主要データベース。
GenBank データベース: GenBank の日本語表現。DNA/RNA の配列データと注釈をまとめて検索・取得できるデータベースのこと。
GenBank nucleotide sequence database: GenBank の英語正式名称。核酸（DNA/RNA）配列データを公開するデータベース。
NCBI GenBank: National Center for Biotechnology Information が提供する GenBank データベースの呼び方。英語表現。
GenBank フラットファイル形式: GenBank エントリを記述する標準的なテキスト形式。遺伝子配列と注釈が連携して格納される。
GenBank ファイル: GenBank データを格納するファイル全般。エントリや配列が含まれる。
GenBank エントリ: GenBank に登録された個々の遺伝子配列エントリ。配列データと注釈がセットで保存される。
GenBank 配列データベース: GenBank の別表現。遺伝子配列データを蓄積・公開するデータベースとしての意味。
遺伝子配列データベース: GenBank を含む、DNAやRNAの配列データを蓄積・公開するデータベースの総称。
INSDC GenBank 部分: INSDC（国際ヌクレオチド配列データベース連携）のうち、GenBank 側のデータを指す用語。

genbankの対義語・反対語

非公開データベース: 公開されず、アクセスに認証や制限が必要なデータベース。GenBankが誰でも閲覧できる公開データベースであるのに対して、その性質とは反対のイメージ。
私的データベース: 個人や特定の少人数の組織だけが管理・利用するデータベース。公開性が低く、研究コミュニティ全体には開かれていません。
クローズドデータベース: 特定の条件を満たす人や団体のみアクセスを許可する閉鎖的なデータベース。公開されているGenBankとは対照的。
ローカルデータベース: 所属機関の内部ネットワークや端末に限定して保管・利用するデータベース。公衆がアクセスできない点が反対。
機密データベース: 高度に秘密性を保つデータベースで、公開されない。GenBankの公開性と対立します。
紙ベースの記録: データが紙に保存され、デジタル化されていない形式の記録。GenBankはデジタルで公開される点と対照的。
遺伝子データ以外のデータベース: 遺伝子配列データを扱わない、あるいは遺伝子データを前提としないデータベース。
企業内機密データベース: 企業内でのみ利用され、外部には公開されないデータベース。GenBankの公開性とは反対の性質。

genbankの共起語

NCBI: 米国国立生物工学情報センター。GenBankを含む多様な生物学データベースを提供する機関。
アクセッション番号: GenBankエントリに付与される一意の識別子。特定の配列を指し示す標準的な参照名。
塩基配列: DNAの塩基（A・C・G・T）からなる文字列で、GenBankに格納される基本データの中心。
DNA配列: デオキシリボ核酸の配列情報。生物の遺伝情報を表す。
FASTA: 配列データを表すテキスト形式の一つ。ヘッダ行と配列行で構成される。
GenBankフォーマット: GenBankエントリの平坦ファイル形式。LOCUS・DEFINITION・ACCESSION・FEATURES・ORIGINなどのセクションがある。
GenBankデータベース: GenBank自体のデータベース。公開配列と注釈を集約して提供。
アノテーション: 配列データに結びつく遺伝子名・機能・翻訳などの注釈情報。
ORF: Open Reading Frame。タンパク質をコードする可能性のある翻訳領域。
CDS: Coding Sequence。タンパク質をコードする遺伝子領域を表す注釈。
RefSeq: Reference Sequence。NCBIが提供する標準化された参照配列の集合。
Entrez: NCBIの統合検索システム。複数データベースを横断して検索可能。
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool。配列の局所的な類似性を高速に探索するツール。
GenPept: GenBankの翻訳（タンパク質配列）エントリ。タンパク質情報を提供。
タンパク質翻訳: DNA配列から翻訳されるアミノ酸配列の表記。
参照配列: RefSeqの別名として用いられることがある、標準的な参照配列。
Taxonomy: 生物の分類情報。種名・科・属などの系統情報。
種名: 配列の生物種名を示す情報。
データ提出: GenBankへデータを提出する行為。適切なフォーマットとメタデータが必要。
平坦ファイル: GenBank flatfile format。人が読みやすいテキスト形式のエントリ。
配列検索: 配列データを対象にした検索機能。BLASTなどを用いて類似配列を探す。
遺伝子名: 遺伝子の正式名称・別名。注釈として付記されることが多い。

genbankの関連用語

GenBank: 米国のNCBIが提供する公共の核酸塩基配列データベース。世界中の生物種の配列と注釈が登録され、他データベースと連携して検索・分析の基盤となります。
NCBI: National Center for Biotechnology Information の略。米国の生物情報機関で、GenBank や BLAST、Entrez などのツールを提供しています。
INSDC: International Nucleotide Sequence Database Collaboration の略。GenBank（NCBI）、EMBL-EBI、DDBJ の三者がデータを共有する国際連携組織です。
EMBL-EBI: European Bioinformatics Institute の略。ENA などの核酸データベースを運用し、INSDC の一翼を担っています。
DDBJ: DNA Data Bank of Japan の略。日本の核酸データベースで、INSDC のパートナーとしてデータを提供しています。
accession number: 各配列レコードを一意に識別する番号。レコードを参照する基本的なIDで、更新ごとにバージョンが付くことがあります。
locus: レコードの基本情報を示す LOCUS 行の情報。配列の長さや分子種などが記載されます。
nucleotide sequence: DNA または RNA の塩基配列。A・C・G・T（DNA）または A・C・G・U（RNA）で表され、遺伝情報の本体です。
RefSeq: NCBI が厳密に検証・統合した参照配列セット。多くは GenBank のデータを基に作られ、標準的な参照として使われます。
FASTA: 最も基本的な塩基・アミノ酸配列のテキストフォーマット。ヘッダ行は > で始まり、続く行に配列が並びます。軽量で広く用いられます。
FASTQ: FASTA に品質情報を加えたフォーマット。次世代シーケンスデータで、配列と各位置の品質スコアを一緒に保存します。
GenBank flat file: GenBank のレコード形式。LOCUS、DEFINITION、ACCESSION、VERSION、FEATURES、ORIGIN などのセクションから成り、配列と注釈が一体となって格納されます。
GenPept: GenBank レコードの翻訳情報を含むタンパク質データベース。DNA 配列の CDS から翻訳されたアミノ酸配列が格納されます。
ORF: Open Reading Frame の略。翻訳可能な読み枠のこと。開始コドンから停止コドンまでを含む領域の候補です。
CDS: Coding Sequence の略。遺伝子の翻訳可能な領域を示すフィーチャーで、/gene・/product・/translation などの注釈が付くことが多いです。
gene feature: 遺伝子を示す注釈フィーチャー。/gene などの修飾子が使われます。
gene qualifier: フィーチャーの遺伝子名を示す修飾子。例: /gene="BRCA1"
product qualifier: 遺伝子産物の名称を示す修飾子。例: /product="DNA helicase"
translation qualifier: CDS のアミノ酸配列を示す修飾子。例: /translation="MKT..."
origin: 実際の塩基配列データが格納されるセクション。座標は 1 から始まります。
feature table: GenBank の注釈情報を格納するセクション。遺伝子、CDS、RNA などのフィーチャーを一覧で管理します。
annotation: レコードに付随する情報全般。遺伝子名、機能、配列情報などの説明が含まれます。
WGS: Whole Genome Shotgun の略。全ゲノムのドラフトデータセットで、_contigs が結合されて登録されます。
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly の略。転写産物のショットガンアセンブリデータです。
EST: Expressed Sequence Tag の略。発現している遺伝子の発現断片を指す古くからあるデータ形式です。
cDNA: complementary DNA の略。遺伝子の転写産物を元に作られたDNAで、研究に頻繁に用いられます。
mRNA: メッセージRNA。タンパク質合成のテンプレートとなるRNAです。
tRNA: transfer RNA。アミノ酸をリボソームへ運ぶ役割を持つ小さなRNA分子です。
rRNA: ribosomal RNA。リボソームの構成要素となるRNAです。
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool の略。配列間の局所的な類似性を高速に検出します。
MegaBLAST: 大規模なデータベースでの高速類似検索に適した BLAST の派生版です。
tBLASTn: タンパク質配列を核酸データベースで検索する BLAST の形式。
blastp: タンパク質同士の相同性検索。蛋白質データベースを対象に比較します。
Entrez: NCBI の統合検索システム。複数データベースを横断して検索・取得が可能です。
BankIt: GenBank へ配列を提出するウェブベースの提出ツール。
Sequin: GenBank へデータを提出するためのコマンドライン/デスクトップツール。
SRA: Sequence Read Archive。次世代シーケンスの原データ（生データ）を格納するデータベースです。
BioProject: 研究プロジェクトをまとめるメタデータ単位。複数データの集合を一つのプロジェクトとして管理します。
BioSample: 実験で使われたサンプルのメタデータを表すデータの単位です。
Nucleotide database: NCBI の核酸データベース全体を指す総称。GenBank、RefSeq、SRA などを含みます。
GenBank divisions: GenBank データが分類される区分のこと。例: GenBank、RefSeq、WGS、TSA、EST など、データの性質を示します。