chebi とは？初心者のためのやさしい解説と使い方共起語・同意語・対義語も併せて解説！

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高岡智則

年齢：33歳性別：男性職業：Webディレクター（兼ライティング・SNS運用担当）居住地：東京都杉並区・永福町の1LDKマンション出身地：神奈川県川崎市身長：176cm 体系：細身〜普通（最近ちょっとお腹が気になる）血液型：A型誕生日：1992年11月20日最終学歴：明治大学・情報コミュニケーション学部卒通勤：京王井の頭線で渋谷まで（通勤20分）家族構成：一人暮らし、実家には両親と2歳下の妹恋愛事情：独身。彼女は2年いない（本人は「忙しいだけ」と言い張る）

chebi とは？

CHEBI とは化学エンティティの総合データベースで、ライフサイエンス領域で使われる化学物質の正式名称や別名、分子式、分子量、構造式などを整理して管理しています。CHEBI は European Bioinformatics Institute EBI が提供しており、研究者や学生が安全に正確な情報を探せるように作られました。

CHEBIとは何か

CHEBI は化学エンティティの標準データベースです。エントリごとに一意の CHEBI ID がつき、名称のほか同義語や分子情報がまとまっています。利用者は名称検索だけでなく構造式や同義語を使っても検索でき、学習にも研究にも役立つ情報を得られます。

CHEBI の使い方

ウェブ上の検索窓に薬品名や同義語を入力すると、CHEBI のエントリが表示されます。構造式の画像や分子量、分類、関連する別名などが閲覧できます。同義語を使えば思いがけない別名でもヒットします。また構造式を確認できるページもあり、分子の模式図を理解する助けになります。初心者には名前検索から始め、次に構造や分類の欄を見て理解を深めるのがおすすめです。

CHEBI の構造とIDの仕組み

CHEBI には各エントリに一意の CHEBI ID がついています。例として CHEBI 12345 のような番号があり、他のデータベースと混同しないように管理されています。CHEBI ID は研究の論文やデータセットでの参照に便利です。

<th>項目

内容
CHEBI ID	各エントリの一意な番号
構造情報	分子式と構造式の画像、SMILES など
同義語	一般名・別名・略称など

CHEBI と他のデータベースの違い

PubChem など他のデータベースと比較すると、CHEBI は化学エンティティの「概念的な整理」に強く、薬物情報よりも化学的な前提の整理が進んでいます。用途としては学習時の定義の確認や、研究デザインの際の概念整理に向いています。

中学生にとっての使い方のコツ

身近な例を使って探してみましょう。食塩のような分子は CHEBI で検索するとナトリウム塩としてのエントリが出ます。化合物の別名を思い出せなくても、構造式や分子量の情報から探せます。初めは具体名で、次に構造や分類の欄を見て理解を深めるのがおすすめです。

まとめ

CHEBI は化学エンティティの標準データベースとして、化学の学習や研究の土台になります。正確な名称と同義語、構造情報、関連エントリにアクセスできるので、学習の初期段階で役立つツールです。

chebiの同意語

ChEBI: 生物学的関心をもつ化学物質エンティティを整理・提供するオンラインデータベースの名称（正式名称の略称として用いられる）。
CHEBI: ChEBI の略称。データベース名を指す別表記や表記揺れで使われることがある。
Chemical Entities of Biological Interest: ChEBI の正式英語名称。英語表記の正式名称そのもの。
ChEBIデータベース: ChEBI を指す日本語表現。データベースそのものを指す呼称。
生物学的関心の化学物質エンティティ: ChEBI の意味を直訳した説明表現。

chebiの対義語・反対語

非化学物質: CHEBIが対象とする“化学物質”の対義語として、化学的性質をもたない、または化学物質として認識されにくいものを指す表現です。
生物学的関心を持たない物質: CHEBIの“生物学的関心”という概念に対して、逆の立場で生物活性・関与がない、あるいは生物学的関心が低いとされる物質を指します。
無生物的エンティティ: 生命現象と直接的な関連をもたない、物理・化学的なエンティティを指す表現です。
非生物学的対象物: 生物学的関与のない、科学データベースの観点から見た対義語的表現です。
無機物質: 日常的な対比としての対義語的表現。CHEBIの全分類を意味するわけではありませんが、生物学的関心を前提としない無機成分として使われることがあります。

chebiの共起語

CHEBI: Chemical Entities of Biological Interest の略。生命科学分野で使われる化学物質データベースの名称で、化学種の命名・属性・階層・注釈を提供します。
データベース: 情報を蓄積・整理して検索や参照を可能にする大規模な情報資源。
データセット: 特定の目的で集められたデータの集合体。
データ更新: データベースに新しい情報が追加されたり、誤りが修正されたりすること。
データベース間連携: 異なるデータベース同士を結びつけて、より一貫した情報を取得できる仕組みのこと。
分子: 原子が結合してできる、最小の化学的な構成単位。
分子式: 分子中の元素とその数を表す化学式。
分子量: 分子全体の質量。
有機化合物: 炭素を骨格として持つ化合物のことで、CHEBI の多くのエントリが有機物です。
無機化合物: 有機化合物以外の化学物質。
化学物質: 元素・分子・イオンなど、化学的な性質を持つ物質全般。
薬物: 病気の予防・治療・診断などに用いられる物質。
リガンド: タンパク質などの標的に結合して機能を調節する分子。
受容体: リガンドを認識・結合する生体分子（主にタンパク質）。
オントロジー: 概念とその関係性を体系化した知識の枠組み。
命名: 化学物質に正式名称をつけること。
命名規則: 公式名称をつける際の決まりごと（例：IUPAC の規則）。
標準表記: 公式・標準の表現方法。
同義語: 意味が近いまたは同じ意味を持つ別名や表現。
識別子: データベース内のエントリを一意に識別するコード。
CHEBI ID: CHEBI 内の各化学種を一意に識別する識別子。例: CHEBI:12345。
URI / URL: ウェブ上の資源を一意に指し示す住所。CHEBI には URI が割り当てられます。
RDF: Resource Description Framework の略。データを三つ組（主語・述語・目的語）で表す表現形式。
OWL: Web Ontology Language の略。オントロジーを記述する標準言語。
API: アプリケーション・プログラミング・インターフェース。外部アプリから CHEBI のデータへアクセスする窓口。
PubChem: 米国NIHが運用する大規模な化学物質データベース。CHEBI と比較・参照されることがあります。
ウェブサイト: CHEBI などの情報へアクセスできるオンラインのサイト。
リンク: 関連情報への参照先・つながりのこと。
検索: データベース内の情報を絞り込んで探す操作。

chebiの関連用語

ChEBI: Chemical Entities of Biological Interest の略。EMBL-EBI が提供する、生体関連の化学種を体系的に整理したデータベース。エントリには名前・同義語・分子式・識別子・分類・クロスリファレンスなどが含まれる。
ChEBI ID: 各エントリに割り当てられる一意の識別子。形式は CHEBI:数字の形。
ChEBI Ontology: ChEBI が提供する階層的なオントロジー。is_a などの関係を通じて上位カテゴリと下位カテゴリを表現する。
Definition: エントリの定義。化学種の性質や生体内での役割を短く説明する文本。
IUPAC名: 正式な国際標準名。IUPAC 名は国際的な同一性の統一に使われる。
別名 / 同義語: 同じ化合物を指す別名・別表記。検索やデータ連携で役立つ。
InChI: IUPAC International Chemical Identifier。化学物質を一意に識別するための国際標準文字列。
InChIKey: InChI の短縮固定長版。検索・比較に便利なハッシュ風表現。
SMILES: 分子の構造を文字列で表した表現。化学情報処理で広く使われる。
分子式: 分子に含まれる元素の種類と数を示す化学式。
分子量: 分子の質量（モル質量、通常は g/mol）
電荷: 分子全体の総電荷。正電荷・負電荷・中性を含む。
立体化学: 分子の立体配置（エナンチオマー、キラリティなど）を表す概念。
プロトン化状態: pH 条件下でのプロトン付加・除去状態。特定のエントリでの実際の形態を示すことが多い。
クロスリファレンス: PubChem、CAS、ChemSpider、UniChem など他データベースへのリンク情報。
PubChem CID: PubChem の化学物質識別番号。
CAS番号: Chemical Abstracts Service が付与する登録番号。化学物質の国際的識別子として広く使われる。
ChemSpiderID: ChemSpider データベースでの識別番号。
UniChem参照: UniChem によるデータベース横断の識別情報。多数データベース間の対応を提示する。
データ形式: CHEBI のエクスポート形式。CHEBI.obo、RDF/OWL、XML などが一般的。
RDF/OWL: RDF または OWL 形式で表現されたデータ。セマンティックウェブやリンクドデータで利用される。
CHEBI OBOファイル: CHEBI の OBO 形式ファイル。オントロジー閲覧や他ツールでの取り込みに使われる。
SPARQLエンドポイント: CHEBI データベースへ SPARQL で問合せを行うための公開インターフェース。
用途カテゴリ: 生体関連の化学種としての代表的な用途カテゴリ。医薬品、天然物、代謝物、リガンド、中間体などの区分がある。
エントリの分類: CHEBI における基本的な分類の例。小分子・有機化合物・無機化合物・イオン・塩・天然物・医薬品・リガンド・代謝物など。
is_a関係: オントロジーにおける上位カテゴリを示す関係。例: エタノールはアルコールの一種である、のように階層を作る。
part_of関係: 部分集合・含有関係を示すオントロジー関係。例: 特定の塩が別の化合物の一部として成る場合など。
has_functional_group関係: 機能基を結ぶ関係。特定の官能基を持つことを示す。
DefinitionSource: 定義の出典情報。特定の論文やデータベース参照を示す場合がある。